Pengelompokan Protein dapat dibedakan menurut sumbernya yaitu :
A. Protein Hewani
Yaitu sumber protein yang berasal dari hewan.
Contohnya : Daging, ikan, ayam, udang, susu dll.
B. Protein Nabati
Yaitu sumber protein yang berasal dari tumbuhan.
Contohnya : suku polong – polongan, kentang, tempe, tahu, dll.
Klasifikasi Protein
Penggolongan protein dibedakan menjadi beberapa macam, antara lain:
1. Berdasarkan Struktur Molekulnya
Protein yang tersusun dari rantai asam amino akan memiliki berbagai macam struktur khas pada masing-masing protein. Karena protein disusun oleh asam amino yang berbeda secara kimiawinya, maka suatu protein akan terangkai melalui ikatan peptida dan bahkan terkadang dihubungkan oleh ikatan sulfida. Selanjutnya protein bisa mengalami pelipatan-pelipatan membentuk struktur yang bermacam-macam. Adapun struktur protein meliputi struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier, dan struktur kuartener :
A. Struktur Primer
Merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan asam amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai. Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus α–amino dengan gugus α–karboksil. Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida atau ikatan amida. Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu polipeptida
B. Struktur Sekunder
Merupakan kombinasi antara struktur primer yang linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang tulang belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah α-heliks dan β-pleated. Struktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau terlipat secara berulang
Struktur α-heliks terbentuk antara masing-masing atom oksigen karbonil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke gugus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino di sepanjang rantai polipeptidaPada struktur sekunder β-pleated terbentuk melalui ikatan hidrogen antara daerah linear rantai polipeptida.
C. Struktur Tersier
Struktur tersier dari suatu protein adalah lapisan yang tumpang tindih di atas pola struktur sekunder yang terdiri atas pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara rantai samping (gugus R) berbagai asam amino. Struktur ini merupakan konformasi tiga dimensi yang mengacu pada hubungan spasial antar struktur sekunder. Struktur ini distabilkan oleh empat macam ikatan, yakni ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik. Dalam struktur ini, ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang memiliki sifat hidrofobik akan berikatan di bagian dalam protein globuler yang tidak berikatan dengan air, sementara asam amino yang bersifat hodrofilik secara umum akan berada di sisi permukaan luar yang berikatan dengan air di
D. Struktur Kuartener
Adalah gambaran dari pengaturan sub-unit atau promoter protein dalam ruang. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan struktur tersier yang akan membentuk protein kompleks yang fungsional. ikatan yang berperan dalam struktur ini adalah ikatan nonkovalen, yakni interaksi elektrostatis, hidrogen, dan hidrofobik. Protein dengan struktur kuarterner sering disebut juga dengan protein multimerik. Jika protein yang tersusun dari dua sub-unit disebut dengan protein dimerik dan jika tersusun dari empat sub-unit disebut dengan protein tetramerik
2. Berdasarkan Bentuk dan Sifat Fisik
A. Protein globular
Terdiri dari polipeptida yang bergabung satu sama lain (berlipat rapat) membentuk bulat padat. Misalnya enzim, albumin, globulin, protamin. Protein ini larut dalam air, asam, basa, dan etanol.
B. Protein serabut (fibrous protein)
Terdiri dari peptida berantai panjang dan berupa serat-serat yang tersusun memanjang, dan memberikan peran struktural atau pelindung. Misalnya fibroin pada sutera dan keratin pada rambut dan bulu domba. Protein ini tidak larut dalam air, asam, basa, maupun etanol.
3. Berdasarkan Daya Larutnya
- Albumin. Larut air, mengendap dengan garam konsentrasi tinggi. Misalnya albumin telur dan albumin serum.
- Globulin Glutelin. Tidak larut dalam larutan netral, larut asam dan basa encer. Glutenin (gandum), orizenin (padi).
- Gliadin (prolamin). Larut etanol 70-80%, tidak larut air dan etanol 100%. Gliadin/gandum, zein/jagung.
- Histon. Bersifat basa, cenderung berikatan dengan asam nukleat di dalam sel. Globin bereaksi dengan heme (senyawa asam menjadi hemoglobin). Tidak larut air, garam encer dan pekat (jenuh 30-50%). Misalnya globulin serum dan globulin telur.
- Protamin. Larut dalam air dan bersifat basa, dapat berikatan dengan asam nukleat menjadi nukleoprotamin (sperma ikan). Contohnya salmin.
4. Protein Majemuk
Adalah protein yang mengandung senyawa bukan hanya protein. Di antaranya adalah sebagai berikut :
- Fosfoprotein, yaitu protein yang mengandung fosfor. Misalnya kasein pada susu, dan vitelin pada kuning telur.
- Kromoprotein yaitu protein berpigmen. Misalnya asam askorbat oksidase mengandung Cu.
- Protein Koenzim. Misalnya NAD+, FMN, FAD dan NADP+.
- Lipoprotein, yaitu protein yang mengandung asam lemak, lesitin.
- Metaloprotein, yaitu protein yang mengandung unsur-unsur anorganik (Fe, Co, Mn, Zn, Cu, Mg dsb).
- Glikoprotein, yaitu protein yang mengandung gugus prostetik karbohidrat. Misalnya musin (pada air liur), oskomukoid (pada tulang).
- Nukleoprotein yaitu antara protein dan asam nukleat berhubungan (berikatan valensi sekunder). Misalnya pada jasad renik.